Cpanel üzerinde tüm siteleriniz internal server error hatasına düşüyor ise muhtemelen SUphp conf. bozulmuştur.
suphp default suphp.conf yandadır.İndirip opt/suphp/etc/suphp.conf üzerindeki dosya ile değiştirin.Zaten muhtemelen bu dosyanın içine bakarsanız boş görünecektir.
Dosyayı güncelleyip httpd restart sonası siteleriniz düzelmiş olacaktır.